Η θεραπεία των περιπρωκτικών κονδυλωμάτων γίνεται σε άμεση συνεργασία με τον δερματολόγο του/της ασθενούς. Η θεραπεία των εσωτερικών κονδυλωμάτων μπορεί να είναι ενδοσκοπική ή χειρουργική. Η ενδοσκοπική θεραπεία γίνεται στο νοσοκεομείο με χρήση ειδικού laser. Η επέμβαση γίνεται με μέθη. Λόγω της φύσης των κονδυλωμάτων και της πιθανότητας τοπικής υποτροπής συνήθως συνιστάται επανέλεγχος μετά την αρχική συνεδρία μέχρι την οριστική ίαση.